Die Ludwig Boltzmann Gesellschaft (LBG) wird 1960 als gemeinnütziger Verein in Wien gegründet. Der Vereinszweck der LBG umfasst alle Belange der Forschungsförderung. Aufgrund einer Subvention aus Bundesmitteln kann die LBG von Anfang an Einzelforschungsvorhaben betreuen. Im Jahr 1965 setzt die LBG den ersten Schritt zur Verwirklichung ihres satzungsmäßigen Hauptzwecks: der Errichtung und des Betriebs von Forschungsinstituten, mit Gründung des ersten Ludwig Boltzmann Instituts, des LBI für Festkörperphysik.

Ab 1967 erhält die LBG keine staatlichen Gelder mehr für die Durchführung von Grundlagenforschung. Der Fortbestand der LBG kann jedoch durch Mitgliedsbeiträge von Geldinstituten, Versicherungen und Firmen sowie durch den Gewinn der Stadt Wien als ständigen Subventionsgeber gesichert werden.

Im Jahr 1968 werden sechs neue Forschungsinstitute gegründet, darunter als erstes medizinisches Institut das LBI für Leukämieforschung und Hämatologie. Aufgrund der geringen finanziellen Mittel der LBG ist dies nur durch Kooperationsverträge mit Partnerorganisationen (insbesondere mit Krankenhäusern und Universitäten) möglich, das heißt durch die unentgeltliche Überlassung von Räumlichkeiten, die wechselseitige Nutzung von Apparaten sowie durch die ehrenamtliche Tätigkeit der InstitutsleiterInnen. Die medizinische Forschung bildet seither den Schwerpunkt der LBG.

Im Jahr 1969 bezieht die Geschäftsstelle der LBG ihre ersten eigenen Büroräumlichkeiten im 2. Stock des Leopoldinischen Traktes der Hofburg; dort behält die LBG bis zur Übersiedlung in die jetzigen Räumlichkeiten in der Operngasse 6, 1010 Wien, im Jahr 1997 ihren Sitz.

Ab 1970 erhält die LBG wieder Mittel vom Bund. Dies ermöglicht die Gründung von neuen Instituten. Die Zahl der Forschungseinrichtungen wächst bis 1999 auf 131 LBI und Forschungsstellen an, 83 davon im Bereich der Humanmedizin. Insbesondere in den 1990er Jahren sind das große Wachstum der LBG sowie die Gründung weiterer Institute nur auf Basis der verstärkten Einwerbung von Drittmitteln möglich.

Im Jahr 2002 beginnt der Strategieprozess zum Relaunch der LBG. Unter Beiziehung eines „Sounding Boards“ – bestehend aus namhaften Wissenschaftern und Experten für Forschungsmanagement – werden Richtlinien als objektivierte Entscheidungsgrundlage für Institutsgründungen erarbeitet. Auf dieser Basis wird im Jahr 2004 die erste Ausschreibung für neue LBI gestartet sowie die gemeinnützige LBG GmbH als 100%-Tochter der LBG und Trägerorganisation für die neuen LBI gegründet. Parallel wird eine Evaluierung der bestehenden Ludwig Boltzmann Institute durchgeführt. Bis Ende 2006 wird der Großteil der bestehenden LBI geschlossen; die weiter bestehenden Institute werden zu thematischen Clustern zusammengeführt oder in Anlehnung an die neuen Richtlinien weitergeführt.