Ab 2002 wurde die Ludwig Boltzmann Gesellschaft im   Zuge einer umfassenden Reform grundlegend modernisiert. Mit der Reform wurde ein Beitrag zur Überwindung der Kleinteiligkeit und der überwiegend kurzfristigen Orientierung der Forschung geleistet, die Kooperation zwischen eher forschungsanbietenden Einrichtungen und eher forschungsanwendenden Organisationen intensiviert und diese auf eine feste institutionelle Basis gestellt. Das Ziel dieser Reform war es, die LBG zu einer Forschungsförderungsorganisation zu machen, die nicht nur inhaltlich, sondern auch strukturell internationalen Standards entspricht. Vor allem die Einführung von kohärenten und transparenten Ausschreibungs- und Evaluierungsprozessen stand im Vordergrund.

Diese Neuausrichtung brachte – neben einem inhaltlichen Fokus auf die Geistes-, Sozial- und Kulturwissenschaften sowie auf die Humanmedizin, klinische Forschung und Life Sciences – eine deutliche Verringerung der Anzahl der Institute. Von den im Jahr 2002 bestehenden 135 Instituten beendeten 90 überwiegend sehr kleinteilig strukturierten Institute aufgrund einer grundlegenden Evaluierung Ende 2005 ihre Forschungsaktivitäten. Den Empfehlungen der Evaluierung folgend wurden die positiv begutachteten Institute teils weitergeführt, teils in thematischen Clustern zusammengefasst. Dabei wurden LBI, die sich verwandten Forschungsfragen widmeten, ersucht, Konzepte für gemeinsame Programme vorzulegen. So konnten die themenverwandten Institute in Cluster überführt werden, die gemeinsame Ziele verfolgen und nach außen hin als ein Verbund auftreten. Die Institute, die den jeweiligen Cluster bilden, bestehen dessen ungeachtet weiterhin fort.